Kompisisi mikroba di dalam saluran pencernaan dapat dikendalikan dengan dua cara, yaitu secara prebiotik dan probiotik. Prebiotik adalah pengendalian mikroba usus dengan cara menambahkan makanan yang mengandung nutrisi bagi pertumbuhan dan perkembangan mikroba menguntungkan. Sedangkan probiotik adalah menambahkan sejumlah mikroba menguntungkan untuk merubah komposisi mikroba di dalam usus, dimana mikroba mengunungkan menjadi dominant.

Prebiotik

Prebiotik adalah ingrediens atau suatu bahan makanan yang dapat memberikan pengaruh menguntungkan bagi kesehatan karena dapat menstimulasi pertumbuhan dan aktivitas berbagai mikroba di dalam saluran pencernaan kita.

Prebiotik yang paling potensial adalah karbohidrat (seperti oligosakarida), tapi bisa juga golongan non karbohidrat lainnya. Dalam teori, antibiotic yang dapat mengurangi jumlah bakteri berbahaya dalam tubuh dan dapat meningkatkan aktivitas bakteri yang menguntungkan dapat juga dikatakan sebagai kelompok prebiotik.

Definisi tersebut tidak menekankan pada kelompok bakteri tertentu. Meskipun diduga bahwa prebiotik pada umumnya meningkatkan jumlah atau aktivitas dari Bifidobacteria dan bakteri asam laktat, dimana kelompok bakteeri tersebut memiliki efek yang menguntungkan bagi pencernaan kita.

Prebiotik adalah nondigestible food ingredient yang mempunyai pengaruh baik terhadap host dengan memicu aktivitas, pertumbuhan yang selektif, atau keduanya terhadap satu jenis atau lebih bakteri penghuni kolon. Prebiotik pada umumnya adalah karbohidrat yang tidak dicerna dan diserap, biasanya dalam bentuk oligosakarida dan serat pangan.

Food ingredient yang diklasifikasikan sebagai prebiotik harus:

1)      Tidak dihidrolisa dan tidak diserap di bagian atas traktus gastrointestinal sehingga dapat mencapai kolon tanpa mengalami perubahan struktur dan tidak di eksresikan dalam feses.

2)      Substrat yang selektif untuk satu atau sejumlah mikroflora yang menguntungkan dalam kolon, jadi memicu pertumbuhan bacteria.

3)      Mampu merubah mikroflora kolon menjadi komposisi yang menguntungkan kesehatan.

Probiotik

Probiotik adalah suplemen dalam makanan yang mengandung bakteri yang menguntukan. Beberapa probiotik terdapat secara alami, contohnya seperti lactobacillus dalam yogurt. Probiotik pada umumnya dapat meningkatkan system kekebalan dalam tubuh. Hingga kini, belum ada publikasi yang menyatakan suplemen probiotik mampu menggantikan mikroflora alami dalam tubuh. Namun banyak penelitian yang membuktikan probiotik akan membentuk koloni sementara yang akan membantu aktivitas tubuh dengan fungsi yang sama dengan mikroflora alami dalam saluran pencernaan. Pengaturan keseimbangan mikroflora usus tidak hanya akan membantu pencernaan dan kekebalan tubuh, tapi juga dapat mencegah konstifasi, mengurangi insomnia dan diduga memiliki pengaruh menguntungkan dalam kadaan stress saat sakit. Perbaikan fungsi pencernaan tersebut dapat juga membantu mengurangi resiko kanker kolon. Selain itu, beberapa strain dari lactobacillus acidophilus diketahui dapat mengurangi kolestrerol dan memperbaiki radio LDL dan HDL dalam tubuh.

Meskipun penggunaan formula probiotik dapat meningkatkan aktivitas mikroflora dalam usus, namun akan lebih efektif jika dibantu juga dengan prebiotik seperti inulin, oat dan gandum. Hal itu akan menyebabkan mekanismenya menjadi lebih baik karena tanpa sumber makanan yang tepat dalam pencernaan, maka mikroorganisme probiotik akan mati.

Beberapa jenis probiotik yang sering digunakan yaitu, Bifidobacterium bifidus, Bifidobacterium brevis, Bifidobacterium infantis, Lactobacillus plantarum, lactobacillus rhamnosus, dan streptococcus thermophilus. Bentuk umum untuk probiotik adal produk dairy (susu) dan makanan yang difortifikasi dengan probiotik (seperti yogurt).

Probiotik yang beredar saat ini sangan bervariasi. Untuk mendapatkan yang paling sesuai lihat jenis bakteri biakan yang ada didalamnya. Sering diiklankan bahwa probiotik bisa mengatasi segalanya bahkan menggantikan filter biologi, tentu saja hal demikian tidak benar kalau di dalamnya tidak mengandung jenis bakteri yang demikian. Hanya sedikit jenis probiotik yang mengandung bakteri pengurai ammonia dan mereka harus diperlakukan secara khusus. Probiotik sendiri kerap digunakan dalam akuakultur/tambak, sedangkan dalam dunia ikan hias baru beberapa tahun ini. Fungsinya sendiri masih controversial, bahkan jarang yang mengangap hanya memliki efek placebo.

Sering bakteri yang dikandung probiotik sebenarnya tidak bisa bertahan hidup dalam akuarium/kolam sehingga anda harus sering-sering memberikannya. Tentu hal demikian menjadi tidak nyaman.