Mikroba hidup di alam dengan membentuk koloni.  Beberapa koloni mikroba dapat hidup di tempat yang sama dan saling berinteraksi antara satu populasi mikroba dengan populasi lainnya.  Pemanfaatan mikroba alami relatif sulit karena adanya populasi mikroba lain yang mempengaruhinya.  Dengan demikian, hasilnya dapat menjadi lebih baik dari yang diinginkan atau terjadi hal yang tidak diinginkan.   Untuk mencegah hal tersebut, perlu dilakukan proses isolasi agar diperoleh mikroba alami sesuai kebutuhan.

Isolasi mikroorganisme dari alam atau sampel merupakan tahap awal dalam skrining   tipe dan jumlah mikroba. Pada prinsipnya tujuan isolasi mikroba yaitu untuk mendapatkan mikroba yang dikehendaki. Isolasi dapat dilakukan dengan teknik agar dan kaldu (broth).  Setelah diinkubasi, mikroba akan tumbuh pada media agar dalam bentuk koloni. Koloni-koloni tersebut terdiri dari bermacam-macam jenis mikroba.